Музей обороны имеет в своём составе административно-хозяйственный, научно-просветительский и отдел по фондовой работе.

Административно-хозяйственный отдел включает в себя руководство музея (директор Михаил Михайлович Баламатов) и заведующего хозяйством (в настоящее время - Фридочкина Юлия Ивановна).

Отдел по фондовой работе возглавляет Акулова-Пивоварова Светлана Борисовна - главный хранитель фондов. Смотритель Фридочкина Юлия Ивановна также относится к отделу по фондовой работе.

Научно-просветительский отдел включает в себя старшего научного сотрудника - Захарову Олесю Павловну, научного сотрудника - Гридунова Ивана Владимировича.

Контактный телефон отделов музея является общим для всего учреждения - (86167) 2-24-48

Электронная почта музея - muikmot@bk.ru